Родился 10 сентября 1967 года в Орле. В 1996 году окончил Московский институт народного хозяйства им. Г. В. Плеханова. С 1990 года директор малого предприятия "Динтэр". В 1993 году стал соучредителем торгового дома "Садко-Аркада", до 1997 года входил в совет директоров. В 1995 году президент компании "Шефлер", затем соучредитель и генеральный директор АОЗТ "Воробьево". С 1995 года председатель совета директоров АО "Внуковские авиалинии". В 1997-1998 годах председатель совета директоров ВАО "Союзплодоимпорт". С 1998 года руководит и владеет 80% акций группы SPI (в состав которой вошло ЗАО "Союзплодимпорт", получившее в конце 90-х годов от ВАО "Союзплодоимпорт" права на водочные брэнды Stolichnaya и Moskovskaya). С 2002 года живет в Великобритании.
Проблемы Юрия Шефлера с властями начались в конце 2001 года, когда Роспатент на основе решения президиума Верховного суда от 16 октября 2001 года перерегистрировал на Минсельхоз принадлежащие бизнесмену права на 43 советские водочные марки (Stolichnaya, Moskovskaya, Russkaya и др.). Принадлежащей бизнесмену компании SPI пришлось свернуть деятельность в России и сконцентрироваться на производстве за границей. Федеральное казенное предприятие "Союзплодоимпорт", получившее в управление эти брэнды, начало оспаривать права SPI за рубежом.
30 июля 2002 года Генпрокуратура возбудила против Юрия Шефлера дело по ст. 119 УК РФ ("Угроза убийством") по заявлению гендиректора "Союзплодоимпорта" Владимира Логинова. Он сообщил, что господин Шефлер угрожал ему в телефонном разговоре. Бизнесмен был объявлен в розыск, поскольку в момент предъявления обвинения находился за границей. С того времени он постоянно проживает за рубежом.
29 ноября 2003 года Верховный суд РФ по ходатайству Центризбиркома отменил регистрацию господина Шефлера кандидатом в депутаты Госдумы от СПС. Основанием отмены стала графологическая экспертиза ФСБ, установившая, что его подпись на заявлении о согласии баллотироваться является поддельной.
В июле 2007 года Юрию Шефлеру было предъявлено заочное обвинение в контрабанде алкогольной продукции, организации преступного сообщества и незаконном использовании товарных знаков, право на выпуск которых принадлежит Российской Федерации.
Компания Шефлера S.P.I. владеет заводом Latvijas balzams и реализует другие деловые проекты в Латвии. Экспортные версии водок "Столичная" и "Московская" производятся в Риге. Кроме того, дочернее предприятие S.P.I. Group в Латвии — ООО Vertikālā pasaule — собирается возвести в Риге комплекс из двух высотных зданий Z-Towers. В конце июля 2007 года Юрий Шефлер посетил фестиваль "Новая волна" в Юрмале.
По материалам сайтов www.kommersant.ru, www.novonews.lv.